紫薇携丫鬟金锁带着乾隆皇帝留给母亲的信物，来到京城想寻父相认，不想却找不到门路面圣，走投无路之际，遇到了住在大杂院的小燕子。紫薇与小燕子相处投缘，结为姐妹，并把自己身世的秘密告诉小燕子。不想阴错阳差，小燕子在帮助紫薇寻亲时，被错认为皇帝女儿，并被封“还珠格格”。紫薇惊痛于此，在乾隆带小燕子去祭天酬神的仪式上昏倒在地，结识了御前侍卫福尔康，得知紫薇身世后，她被福家收留，与尔康也暗生情愫。此后，包括五阿哥永琪在内的众人，为两人的身世真相大白做了种种努力，小燕子与永琪也在过程中互生爱慕之心。给小燕子紫薇设下重重障碍的皇后，将会怎样阻挠他们？而得知真相后的乾隆，又将做出什么反应。