故事发生在一个名为利斯的世界，这里的人们可以使用炼金术，但付出代价是失去身体的一部分。爱德华····和弟弟阿尔冯斯·····在寻找恢复失去肢体的方法时，意外打开了通往异世界的门，阿尔冯斯因此灵魂附体于一个巨大的铠甲之中。

爱德华则失去了右臂。为了寻找恢复身体的方法兄弟俩踏上了艰难的旅程。途中他们遇到了各种人物包括朋友敌人和导师。