该剧共分三部，一百二十集。第一部描写的是北朝末年隋朝初年，天下大乱，统治阶级鱼肉百姓。为匡扶天下正义，少林武僧被迫走出山林扬善除恶（24集以后也叫做《少林寺传奇——乱世英雄》实际上都是第一部，并非上下部之分）。

第二部《少林寺传奇——十三棍僧救唐王》讲述的是隋朝末年，天下大乱。各路诸侯，自立为王，硝烟不断，百姓遭殃。洛阳，太尉王世充（梁家仁）野心勃勃企图篡位夺权，胁幼主“杨侗”、屠杀异己。

昙宗师徒为了保寺救民，创立了“罗汉奇门棍阵”，又冒死潜入了洛阳城营救李世民；昙宗请缨率领弟子们施展少林绝技，攀越城头来到王宫劝王世充放下屠刀，王世充执迷不悟，命大队禁军节节狙杀……历史证明：没有十三棍僧就没有大唐王朝。

少林寺伴随着一首首隋唐演义，出演了一曲曲英雄壮歌。第三部《少林寺传奇——大漠英豪》