Charlie看到Amitaa被人劫走后昏倒前给Don打电话，FBI在追踪绑匪吉普车时发生了车祸，里面有两名女性被烧死，但Amita不在车内。Don希望Charlie能专心分析案情，以便能够帮助尽快找到逃脱犯，但他并不能够控制自己的情绪。于是这次只能靠Larry来分析数据。绑走她的是几名女性，她们都共有一个男朋友，而Amita则通过电脑传递信息给Charlie。

在一起银行抢劫案中Nikki发现所有的细节与自己在做警察时发生的一起案件一样，一个四人团伙杀掉一个后三个人离开。David去向Charlie求助，要找出是否还其他同样手法的案件，而Charlie分析发现这起只是模仿手法而已。此时一位FBI前探员Bloom成为最大的嫌疑犯，因为他两天前在银行出现过。Coiby觉得大家对他的态度过于冷淡。

Bloom其实只想办好最后一件案子，希望对他最后的印象能改观。Charlie和Amita在去餐厅吃饭的途中，Amita被人劫走。

由于Don受伤，Charlie为了理清头绪,将20多起未侦破的案件找寻出来，发现其中有某种共同点。并坚信这些是另类连环杀手的做案手法，但David他们却不以为然。一位邮递员在工作是被枪杀，Charlie是第一个赶到现场，而他相信这起与原来那些案件是一个人所做。David只能建议他去找那位业余连环杀手调查者Roy和 Gene找寻详细资料，Charlie根据这些资料更加专心的在找共通点。

而此时那位Gene和他的妻子却被杀害。Amita看过他的时间表后打定主意支持他的想法并把这一切告诉了Don，随后Don打定主意负责调查这件案子。

Don的小组在执行一项围捕劫匪的任务，在此之前已发生过几起之类的案件，但他们低估了劫匪的火力，导致Don受伤。Charlie很内疚，觉得自己将敌人人数估算错误，Amita希望他能振作帮助FBI尽快找出凶手。根据一枚指纹，一位获得年度优秀老师奖的人成为嫌疑犯。Charlie抛开之前所有的假设重新分析后发现，第五个人与那群劫匪不是同一帮人。

加州大学的一实验室遭到破坏Nelson教授也遇害，因实验用的动物们都被放走导致研究成果严重的损失。FBI打定主意隐瞒教授的死因，开始进行秘密调查。有人把当晚事件挂在网上，此时加州大学的另一实验室也被毁。

杀人犯John即将执行死刑，而一位心理医生打电话给Don说他有证据证明其是无辜的，可他来不及说出来就已被害。于是Don要求小组调查事情的真相。篮球赛开始，可不管Charlie和Larry怎么努力比分差距还是很大，这让他们很懊恼。

国防部研发了一台超级电脑，涉嫌杀害自己的主人Rlberfson博士，Charlie和Amita被邀请调查事件的发生，发现这只是个骗局。大学篮球赛即将开始，Charlie和Larry为雪耻之前的九连败而努力着。

目前市场上有一种新毒丨品“夏威夷冰丨毒”，Charlie希望在它还是处于初期时能阻止其流行，而这需要一个卧底。Liz通过联邦药品管理局的一位卧底朋友Cam做介绍人搭上内线，Don派David和Coiby从旁协助。但这一切并不如想像的那么轻松就能搞定，David很紧张Liz连续两次不听从指挥，由于这是他是第一次负责任务，同时影响到他的升迁问题。任务完成，而David也收到了他的升职信。

FBI指控一位名叫Lake的人谋丨杀，可陪审团判他无罪。可Don却不罢休，因为一条人命就在眼前被杀。Charlie通过概率运算出陪审团被收买，随后Don的小组开始对陪审团进行调查，果然真的有名黑客叫Logan，他侵入陪审员系统，可他已遇害。Don的女友Robin检察官对于没能将有罪的人绳之以法，情绪有点低落。

David准备竟聘副主管的职位，Don给他写了推荐信。

巴西领事馆失窃，钻石及名画全都相安无事，被盗走是一双球鞋，价值25万美元。在一贫民区发现位死者，脚下穿着一只被盗球鞋，而这双鞋已被仿冒大量生产，而真品的去向却不知所踪.

有三名中国女孩被一辆汽车带走，其中有一名是移民局的卧底. David和Coiby在一家中国餐厅用餐时发生了一场枪战。两名手持冲锋枪的黑帮份子被当场David和Coiby击毙.而此时CIA的灵媒来找Don，他也预料到此次事件的发生。

一辆旅游巴士被劫持，在车上共有18名人质，劫匪们要1800万美元，旅游公司在每辆车上装有一套反劫持系统，可劫匪中有位电脑高手已将系统破坏。车上有位迈阿密来度假的警员，他用自己的手机拍摄到几位劫匪的影像发送给自己的未婚妻。

三个人越狱成功，其中一名叫Buck的人直奔Don而去，他就是那位30岁的女教师Crystal Hoyt的小男友，Don的组员及家人都很担心他。Don瞒着大家与Buck通话，约好见面地点，因为他知道Buck来找他的原因是什么。

一群男孩在校园盗窃时被义务警员们给逮住交给警察，这已是第五起相同事件，随后他们开始反击。在第六起事件时将一名义务警员给杀害，死者生前是名大学生，他的父母并不知道任何有关的事情。

一栋大楼发生两次爆炸，FBI对此进行调查，Charlie的家及办公室被人监听，而这一切与名叫Geo的一个组织有关。

客车与货车发生出轨事故，货车周围存在有毒物质泄漏，情况相当危急。出轨的原因竞是隐瞒货物重量造成的。Charlie利用峰群机器人来寻找失踪乘客，通过配合，David和Coiby成功救出最后两位人员。

Naghan和Don是从小一起长大的朋友，他在一次冲浪中遇到风暴意外死去，但他的父亲却不相信，他请求Don帮忙调查这起事件。在看死者照片时Colby发现了一个疑点可以确定Naghan的死并不是意外。

一位魔术师在表演中冷不防失踪，在密室里只发现她的血迹，FBI调查中发现这是她经常使用的伎俩，只是为抬高人气，但这次却不一样她被谋杀，死因还需调查。

五个月来23辆联合快递的卡车被抢，在一次围捕中双方发生枪战，其中一位FBI的同事当场牺牲。Don的小组分析在联合快递公司中应该有内线，Charlie通过数据分析后缩小了检查范围,在公司中有位绰号为“扫描男”的员工Emson成为头号嫌疑。但他在生活中是位患有强迫症及自闭症的人，如何打开他的心防说出秘密成为头等大事。

McGruff对Don兄弟的同进同出很恼火，他建议上级不恢复Charlie的安全权限，同时因Don曾在办案中的过激行为建议对他进行处罚。一位从14个公司偷走一千万，两年内曾伪装过各种职业的人，但出人意料的是他只有18岁，而且他否认拿走很多钱，而且最终他的目的也令人难以意外。FBI对Charlie的调查结果下来了，当然是皆大欢喜，除McGruff外。

洛杉矶警方在一家咖啡店发现8具尸体，其中有一位是为警局情报科工作的人名叫Lowe，所以请求FBI一起合作调查。头派Don去询问一位名叫Kurt的人，他与这件案子也有关联。FBI重新进行调查Charlie，所以 Don的小组成员都在接受McGruff的问话。Charlie知道自己如果要拿到安全权限，那Don有可能将离开FBI。

中层收入的妇女被绑架后劫匪要求她提光自己信用卡的钱，而这类案件在本市七周内已发生五起，第五起已有人死亡。Nikki作为诱饵，使两位犯罪成员被抓获，可Don对于她没有纪律的个人英雄主义行为很恼火，希望她能反省自己的行为做好配合。Charlie对判决打定主意上诉，这意味着将接受一连串的调查及问话。

有两位攀岩高手被害，而这与一家珠宝店失踪的钻石有关。因Charlie不能参与，FBI只能找Amita和Larry帮忙。Robin想帮助Charlie通过安全调查，但他却不同意。Don在搜捕时遇到了危险，大家找不到他的具体方位。

他的风事只能请Charlie帮忙小组里来了一位新同事，名叫Nikki，她是从洛杉矶警局调过来。