沃尔特和杰西两人逃走之后，沃尔特在沙漠里想着改如何处置自己的车。此时Gus开着车出现，沃尔特答应只要Gus原谅杰西，那么沃尔特就继续替Gus干活。沃尔特回到实验室，发现GUS给自己找了盖尔当新的助手。GUS派人继续追踪杰西，沃尔特则在实验室里继续干活，Gus派人监视两人。

沃尔特意识到盖尔就是GUS派来取代自己的，一旦盖尔掌握了自己的技术，那么自己也就会失去利用价值。Gus找到盖尔，他告诉盖尔沃尔特之所以制毒是由于他得了肺癌，不过他所剩的日子无多。Gus建议盖尔能够掌握所有沃尔特的技术，将来沃尔特不在了便可以继续干活。麦克找到Saul，询问他是否有杰西的下落。

麦克在Saul的桌上找到了杰西的地址。沃尔特告知Saul自己已经打定主意要洗车来洗钱，Saul将他带到一个商店，原来杰西藏身于此处。杰西和沃尔特商量出路，杰西建议两人一起亡命天涯，沃尔特不愿意抛弃自己的家庭。沃尔特意识到现在只有杀死盖尔，自己才有活下去的可能。

沃尔特希望杰西能够去帮自己杀了盖尔，不过杰西不愿意。沃尔特命令杰西跟踪盖尔，拿到他家的地址，沃尔特自己亲自去解决盖尔。沃尔特在家里照顾孩子，此时Gus的手下出现在他家门口将他带走。沃尔特知道Gus已经识破了自己的计划，此时他声称会将杰西交给Gus来换自己一命。

正在沃尔特给杰西打电话的时候，他趁机让杰西杀了盖尔。杰西敲门进入盖尔家，并且立马枪杀了他，Gus的手下立马冲到盖尔家。本季终。

斯凯乐在家里查询关于洗钱的过程，沃尔特在外面教他的儿子开车。斯凯乐执意要入伙，沃尔特并不愿意连累她，斯凯乐提到自己并没有真正和沃尔特离婚，当时的离婚协议并没有生效。沃尔特想要回到家里，斯凯乐不答应。斯凯乐最后答应以后让沃尔特在家里一周待四天，沃尔特十分开心。

杰西在实验室干活，他邀请沃尔特下班后一起喝一杯，不过沃尔特拒绝了他的请求。两人在酒吧聊天，杰西将Gus雇人干掉combo的事情告诉了沃尔特，他表示自己一定要为自己的兄弟报仇，沃尔特劝他不要反抗。杰西一意孤行，沃尔特表示如果杰西被抓到，自己也爱莫能助。汉克在医院里住院，玛丽和沃尔特儿子陪他打牌。

汉克由于自己的病情十分沮丧，沃尔特儿子在一旁安慰他。沃尔特和Saul在办公室里等待杰西的出现，不过杰西迟迟不来。两人都十分担心杰西会报复Gus，这样所有人都会有麻烦。沃尔特建议Sual想办法将杰西关进监狱，这样他就不会出来犯事。

杰西找到一名妓女，希望能够靠她接近Gus的手下。沃尔特在家里照顾女儿，冷不防间有人敲门，原来是Saul的同伙。他向沃尔特解释之前将杰西关监狱的计划是不可行的，因为Gus不会愿意自己的员工进监狱。Gus发现了杰西的计划，便将他带到沙漠。

Gus和沃尔特都在现场，Gus劝杰西和自己的手下和好，不过杰西反抗。杰西向Gus抱怨他们竟然利用小孩子做生意，Gus命令自己的手下以后都不可以利用小孩子。杰西表面上妥协，不过他内心任然还是十分愤怒。玛丽在医院照顾汉克，玛丽劝汉克回家里复健，由于医院的住院费用太过高昂，汉克最后在玛丽的诱惑下回了家。

沃尔特意识到杰西很有可能会一意孤行，立马开车出去撞死了杰西要杀的两人。

汉克由于康复治疗而十分暴躁，玛丽将账单给了斯凯乐，斯凯乐表示自己可以承担。沃尔特怀疑杰西偷了毒品，时刻盯着杰西。杰西听说自己的朋友没有办法将这些毒品卖掉的时候十分生气，并打定主意要自己出马将毒品都卖掉。沃尔特回到家里吃饭，斯凯乐和他聊起玛丽的账单，沃尔特立马给了她一张支票。

斯凯乐怀疑这些钱是否被洗干净了，沃尔特将他带到了Saul的办公室。Saul向斯凯乐解释沃尔特的整个洗钱过程，斯凯乐怀疑Saul给沃尔特做的选择。杰西和康复中心的一个女人混在了一起，同时还发现她有一个儿子。斯凯乐给了沃尔特一个更好的建议，那就是用贩毒的钱去投资洗车店。

杰西和女朋友在家里聊天，她想要杰西给自己一点毒品，不过杰西并不愿意这么做。Saul并不同意沃尔特投资洗车店，执意要沃尔特同意自己的选择。杰西发现自己的女朋友的大儿子就是当初杀掉combo的那个小孩Tomas，原来当初事Gus将Tomas招进了自己的贩毒集团，并利用Tomas杀掉了combo。汉克拒绝进食，此时玛丽进来通知他这周末他就可以出院了。

汉克执意自己一定要等自己完全康复了走出这家医院，玛丽十分生气。斯凯乐和沃尔特讨论投资的事情，斯凯乐表示自己愿意帮助沃尔特洗钱。沃尔特并不愿意将斯凯乐牵扯到其中，不过斯凯乐直言自己并没有和沃尔特离婚。沃尔特接到Gus的邀请到家里吃饭，Gus给了他建议。

杰西执意要为combo报仇，他找到Tomas买毒品。

沃尔特冷不防间发现实验室里毒品数量有出入，他询问杰西，杰西表示自己毫不知情。沃尔特在实验室里发现了一只苍蝇，他打翻了实验室的仪器，他一定要抓住那只苍蝇。杰西回到实验室，发现沃尔特整夜都在这里。沃尔特对于苍蝇这件事情十分偏执，发誓一定要将苍蝇抓住。

杰西帮助沃尔特，不过却帮了倒忙。沃尔特将杰西赶出了实验室，自己一人在里面抓苍蝇。杰西将实验室的电闸关了，并且去外面买了苍蝇粘板。沃尔特和杰西两人继续在实验室里抓苍蝇。

杰西在沃尔特的咖啡里下了安眠药，沃尔特并没有察觉。沃尔特和杰西两人讨论着自己的病情，杰西为沃尔特的康复感到开心。沃尔特表示了自己想要自杀的倾向，杰西安慰他。沃尔特讲到自己之前和简的父亲在酒吧的谈话，沃尔特讲到自己现在之所以执意都是为了家庭，杰西为此十分感动。

杰西替沃尔特完成了心愿，抓住了那只苍蝇。沃尔特的安眠药效发作，睡了过去。杰西将沃尔特放在床上，并替他盖好了被子。沃尔特发现实验室里少的毒品都是杰西带走了，他警告杰西不要再继续下去。

杰西表示自己并没有这么做，沃尔特直言自己对于这一切也是无能为力。沃尔特在家里睡觉的时候，听到了苍蝇的噪音。他睁开眼睛，发现有人在监视自己。

沃尔特和杰西在实验室里日夜赶工，终于能够顺利交货。杰西向沃尔特抱怨自己拿到的钱太少，不过沃尔特并不愿意听他抱怨。沃尔特一行人正在医院里照顾汉克，此时汉克的同事前来告知汉克毒品冷不防间爆发。沃尔特在车里反思自己所做的一切，此时斯凯乐到车里询问沃尔特是否安全。

医生过来检查汉克的恢复情况，玛丽希望汉克恩能够早日接受物理治疗，这样他就能够早日走起来。玛丽和汉克的保险公司不能够给汉克最好的康复治疗，玛丽打定主意要给汉克找最好的理疗师。杰西找到Saul，Saul劝杰西现将自己的钱洗干净。沃尔特和Gus碰面，他表示Tuco的表兄弟是先瞄准了自己，不过却被人算计着转向了汉克。

沃尔特怀疑Gus有着更阴险的计划，不过现在自己却不能摆脱Gus的控制。斯凯乐正在家里安慰玛丽，泰德冷不防间出现。玛丽去洗澡，泰德和斯凯乐两人聊天，泰德向斯凯乐表白，不过斯凯乐现在并不愿意和泰德谈论这些。杰西对自己现在的状态十分不满意，他打算自己要偷偷贩毒。

杰西从实验室里偷了毒品，不过沃尔特并不知情。玛丽打算找媒体求助，沃尔特和斯凯乐想要帮忙。斯凯乐主动提出可以帮汉克付钱，她谎称这些钱都是沃尔特在赌场赢的。斯凯乐给玛丽讲了一个故事帮助沃尔特掩盖了他制毒的事实，玛丽愿意接受他们的帮助。

斯凯乐劝玛丽不要讲这一切告知汉克。

沃尔特向盖尔解释自己为何不能够和他继续共事，此时杰西出现，盖尔对于即将要替代自己的人十分失望，他对沃尔特十分生气。沃尔特带着杰西在实验室转悠，杰西告知沃尔特汉克被人袭击，现在正在医院抢救。沃尔特立马冲到医院安慰玛丽，斯凯乐也在现场。玛丽和汉克的上司吵了以来，因为他们拿走了汉克的枪。

玛丽情绪几近崩溃，汉克的同事纷纷为他捐血。沃尔特一家人在医院焦急等待汉克的消息，杰西在实验室里十分激动。玛丽茶饭不思，斯凯乐劝她吃饭。沃尔特安慰玛丽，Gus接到墨西哥人的电话，责备Gus。

汉克的手术结束，暂时脱离了生命危险，玛丽十分焦急，医生安慰玛丽。杰西在办公室里十分无聊，Gus的人过来监察发现沃尔特不在实验室。杰西立马打电话给沃尔特，沃尔特发现强杀汉克的就是Tuco的表兄弟。沃尔特正在医院里和他儿子聊天，此时Gus打来电话询问情况，沃尔特称是因为之前盖尔犯的错误才导致延迟。

沃尔特询问汉克的同事关于墨西哥人的情况，此时Gus给医院里的每一个人送来食物。Gus和斯凯乐一行人简单聊天。沃尔特询问Gus是否知道袭击汉克的人，Gus并没有透露详情。此时医院发现袭击沃尔特的人已经死了，墨西哥人的上司打来电话询问Gus，Gus直接派人杀了他。

医院里汉克情况稳定，玛丽一行人前往探望。

杰西开车回家，此时汉克冲到他家里，将他打到昏迷。汉克的上司觉得汉克这么做有点太过于冲动，便询问他时间的始末。Saul到医院看望杰西，杰西对于自己莫名其妙被打十分恼火，他执意要将汉克控诉到底。沃尔特劝他放过汉克，不过杰西执意要报复沃尔特。

沃尔特为了让杰西保密，打定主意要将杰西找到自己的实验室。沃尔特打电话给Gus，抱怨之前盖尔在实验室犯的错误，并借口要将盖尔换掉。汉克接受警局的调查，如果杰西执意控诉他，汉克很有可能会丢掉工作。汉克回到家里，将这一切告知玛丽，玛丽安慰他。

斯凯乐找到沃尔特，告诉他现在汉克的局势。斯凯乐希望沃尔特能够劝劝杰西，沃尔特十分生气。沃尔特来到实验室，盖尔已经准备好了一切。沃尔特冷不防间发现盖尔将一个设备的温度调错，导致他们要重头开始。

Tuco的表兄弟买了枪和防弹衣，打定主意要和汉克决一死战。沃尔特为了让杰西保密，也为了解救汉克，打定主意要将杰西找到自己的实验室。沃尔特打电话给Gus，抱怨之前盖尔在实验室犯的错误，并借口要将盖尔换掉。杰西打定主意接受沃尔特的邀请，两人成为合伙人。

汉克接受警局的进一步调查，汉克打定主意接受一切。汉克的上司打定主意将汉克暂时停职，并且没收了他的枪。汉克正在停车场里准备回家，冷不防间接到了一个陌生人的电话提醒有人要杀他。冷不防间Tuco的表兄弟出现，他们和汉克激烈枪战。

汉克身受重伤，而Tuco的表兄弟也一死一伤。

斯凯乐知道沃尔特竟然同意离婚之后，心里有一丝失望。沃尔特同意自己以后负担两个孩子的所有费用，而他则自己搬出去找了一个公寓。Gus在自己的炸鸡店教雇员使用仪器，而Tuco的两个表兄弟找上们来。杰西将自己制得毒品展示给自己的朋友看，并且劝他们试用。

朋友们对杰西的成品十分欣赏，三人打定主意要一起贩毒。杰西被汉克盯上，他希望能够借此找到房车的下落。沃尔特做好自己的早饭之后去上班，发现实验室里已经有了另外一个人，这个人就是沃尔特的助手盖尔。沃尔特送儿子上班，儿子对父母的离婚十分不解。

Tuco的表兄弟在Gus的店里一直呆着不肯走，Gus和两人商量好日落的时候解决所有问题。盖尔有有机化学的硕士学位，沃尔特对于盖尔的技术十分欣赏，两人在实验室里的合作也十分顺利。沃尔特和盖尔两人惺惺相惜，在实验室里相聊甚欢。汉克在车里继续盯梢杰西，此时玛丽打来电话，并且建议他通过沃尔特来了解杰西。

汉克给沃尔特打电话，沃尔特十分害怕汉克找到之前的房车，便立马打定主意要解决房车。沃尔特打电话给Saul，告知现在汉克正在追踪房车。沃尔特找到Bager的表兄，要求他立马将房车处理，Bager也在现场。沃尔特立马打电话找人处理房车，Bager立马打电话通知杰西。

杰西立马从家里出发，汉克紧随其后。沃尔特发现杰西将汉克领来此处，十分生气。汉克正要搜查房车时，沃尔特打电话求救Saul。Saul找人假扮医院的人打电话通知汉克玛丽车祸住院，汉克立马赶到医院，却发现自己被人骗了。

房车被销毁，Gus碰面Tuco的表兄弟。Gus告知二人杀掉Tuco的不是沃尔特，而是汉克。

杰西由于想要自己单干，所以打定主意自己买一辆房车。斯凯乐在泰德家里洗澡，对他家里的地热十分向往。泰德建议斯凯乐将自己的东西放在他家里，斯凯乐重新思考了自己的位置。杰西打电话给沃尔特抱怨分红的事情，沃尔特解释，不过杰西根本不听。

汉克根据线索监察每一辆房车，中途出现误会，汉克回到家里洗澡，玛丽在一旁询问情况，汉克因为不顺而大发雷霆。Gus想要说服沃尔特入伙，不过沃尔特还是拒绝。Gus便开车将沃尔特带到了一个洗衣公司，原来Gus在下面偷偷建了一个化学实验室，用来制毒。沃尔特对于先进的设备十分心动，不过他还是拒绝了。

玛丽打电话向斯凯乐诉说自己的烦恼，汉克最近十分封闭自己。斯凯乐再一次在泰德家，她烦死自己的错误，打定主意要好好回家重新开始。汉克看着自己的同事升迁而十分不爽，自己则在继续追踪房车。斯凯乐在沃尔特房间里发现了之前沃尔特贩毒的钱，心里觉得有一点感动。

斯凯乐找自己的离婚律师谈话，律师建议斯凯乐立马报警，不过斯凯乐并不愿意这么做。斯凯乐回到家里，发现沃尔特的房间已经搬空，而沃尔特已经在离婚协议上签了字。沃尔特找到Saul，杰西也在场。沃尔特表示自己已经接受了Gus的建议，从今天开始，他就和杰西一刀两断，而杰西也再也不可能卖出自己的毒品了。

杰西为此十分恼火，砸了沃尔特的车。汉克找到了Combo的母亲，听说她的房车之前被combo偷走了，他便怀疑那就是自己想要追查的房车。

杰西到加油站加油买东西，不过却发现身上没有现金，杰西向收银员提供了一袋毒品作为交换。Saul的手下将监听的内容放给他听，沃尔特和斯凯乐因为出轨的事情大吵一架。沃尔特一气之下找到斯凯乐工作的公司，拿起椅子就将门砸碎。沃尔特准备离开公司时，被Saul的手下带走。

Saul批评沃尔特做事太过冲动，不顾后果。沃尔特质问Saul是否有监听自己，Saul承认。沃尔特十分不满，和Saul打了起来。当着沃尔特的面，Saul的手下将装在他家的窃听器都取走。

沃尔特因为自己的私事在上课的时候无法专注，导致学校的校长找他谈话。他在谈话期间试图勾引校长，导致被暂时停职。汉克向玛丽解释自己之所以不愿意暂时不愿意调走的原因。沃尔特拿着自己的东西准备从学校回家里，杰西找到他。

杰西期望二人能够一起工作，不过沃尔特拒绝。杰西将之前自己一人制得毒给沃尔特看，沃尔特对于他偷窃自己的配方而大为光火。斯凯乐和泰德上床后准备回家，泰德询问她和沃尔特到底出了什么问题，斯凯乐不愿意回答。汉克发现了之前杰西在加油站交换的毒品，决心一定要抓住Heinsburg。

杰西找到Saul，希望他能够帮自己联系到Gus。Gus派人买了杰西的毒品，不过只给了他一半的钱，剩下的一半给了沃尔特，杰西十分生气。汉克来到加油站，询问关于杰西的情况。收银员将杰西驾驶房车这件事告诉了汉克。

沃尔特在加油站门口的ATM机找到了房车的照片，他去DMV调查到了房车的信息。沃尔特在家里和斯凯乐继续冷战，他儿子所以而十分不适。汉克因为想留下来继续调查而拒绝了升迁的机会。

斯凯乐回家之后发现沃尔特在家之后，十分生气。斯凯乐要求沃尔特立马离开，不过沃尔特拒绝。斯凯乐叫来警察，沃尔特儿子对此十分生气。警察来了之后询问具体情况，不过沃尔特和斯凯乐并未离婚，所以沃尔特是合法居住在自己家里的。

沃尔特儿子告诉警察自己父亲并没有犯任何错误，斯凯乐放弃。沃尔特儿子对斯凯乐大发雷霆，斯凯乐对此十分生气。杰西在家里，Saul找到他希望他能够联系到沃尔特，杰西答应。墨西哥人找到Gus，希望他能够把沃尔特交给他们处理，Gus直言自己正在和沃尔特合作，并不希望现在他们侵扰沃尔特。

杰西在家里十分想念去世的简，不停地打电话听简的语音信箱。斯凯乐找到自己的离婚律师，抱怨之前沃尔特不顾自己的反对搬回家里。律师要求斯凯乐向自己透露所有的细节，斯凯乐提到沃尔特制毒的事实。律师建议斯凯乐现在就报警，不过斯凯乐并不愿意自己的儿子伤心。

汉克在和同事执行任务的时候，冷不防间发病。杰西在家里继续给简打电话，不过却发现她的电话已经被销号，第二天杰西回到沙漠里想要继续制毒。沃尔特要和斯凯乐谈话，他将自己所有贩毒的钱都放在斯凯乐面前。沃尔特坦白自己之所以制毒，就是为了在自己死后能够给家人一个好的财政状况。

沃尔特希望斯凯乐能够原谅自己，斯凯乐表示自己要好好考虑。斯凯乐正在办公室里打印，此时泰德走进来。斯凯乐主动勾引泰德，两人亲热。晚上斯凯乐回到家里，沃尔特在家里做饭。

斯凯乐告诉沃尔特自己和泰德上了床，沃尔特伤心。

沃尔特在高速上被警察抓住，沃尔特气愤之下和警察争吵，他被带回警局。杰西开车经过自己之前住过的房子，发现房子正在翻新。他和他爸交谈之后，发现他爸打算将这幢房子卖掉。沃尔特对于斯凯乐要和自己离婚的事实十分沮丧，此时Saul找上门来。

Saul安慰沃尔特，并且希望沃尔特能够接受Gus的提议。沃尔特拒绝了Saul。沃尔特儿子的募捐网站收到了越来越多的钱，他对于自己父母现在的情况十分不解。汉克看着沃尔特憔悴的样子，希望能够帮他一把。

杰西找Saul拿到自己的分红，Saul在一旁劝他去说服沃尔特重操旧业。沃尔特回到家里，发现他儿子在门口等他，沃尔特十分开心。在Tuco叔叔居住的老人院里，两个墨西哥人拼出了沃尔特的名字。斯凯乐在公司里上班，泰德走进来。

斯凯乐给他讲公司的报表，泰德发现斯凯乐的婚戒不见了。沃尔特将他儿子送回家里，不过他儿子并不愿意回去。杰西拜托Saul买下了他父母要卖的房子，沃尔特回到家里，不过斯凯乐并不愿意和他谈话。杰西的父母发现原来是杰西买下了他们的房子，十分震惊。

沃尔特回到家里，却发现斯凯乐早已经换了锁。沃尔特从通风口里进了房子，Saul的人安装完监听器之后离开，此时两个墨西哥人找到沃尔特。沃尔特正在家里洗澡，两个墨西哥人闯进了他家。Saul的手下立马通知Gus.

简的父亲造成的事故造成了一场轰动的悲剧，所有的人都十分震惊。沃尔特在家里的泳池边上考虑要烧掉自己贩毒的所有钱，不过他后来又反悔。沃尔特的学校组织了一场活动，所有人都表达了自己的默哀，不过沃尔特直言人应该向前看。沃尔特在家里收拾东西准备出门，汉克在一旁帮忙。

斯凯乐找到离婚律师讨论自己的情况，律师询问两人现在是否已经分居，斯凯乐直言自己已经不愿意回头了。斯凯乐没有向她儿子解释自己为什么和沃尔特吵架，沃尔特想要送他的儿子去学校，斯凯乐不允许。杰西在康复中心渐渐接受了自己的过去。并打定主意要好好生活。

斯凯乐找到沃尔特谈离婚的事情，沃尔特不答应。斯凯乐直言沃尔特是毒贩，沃尔特承认自己制毒，斯凯乐冲出房门。沃尔特接杰西出院，杰西知道了之前简的父亲因为简的去世才导致悲剧的发生。杰西由于自己的错误而十分自责，沃尔特安慰他。

沃尔特找到Gus, Gus给他提供了一个非常诱人的机会，不过沃尔特拒绝。Gus再次提出了自己条件，沃尔特表示自己会考虑。Gus提出若是沃尔特能够为自己工作三个月，那么Gus可以给沃尔特三百万美金，沃尔特有点动心。在美墨边境，两人从墨西哥偷渡到了美国，他们在寻找一个叫Heinsburg的人。