原本要到"空中医院"医治全满德的黑杰克，以及皮诺可，白拍子。西川等人，没想到却因为在癌症放射线的照射下BOP病毒更加进化蔓延到皮诺可及西川身上，另一方面美国空军基地为了怕病毒扩散竟然发射飞弹要让"空中医院"彻底消失…。

黑杰克原本终于要带皮诺可回日本，没想到却在机场被请到"空中医院"上，原来是有个罹患Phoenix病(凤凰病)的病患要黑杰克医治而且委託人是莲花。更让人意外的是病患竟然是他的父亲全满德，不过更大的危机就要出现了…。

黑杰克接到父亲病危的通知急忙赶过去，迎接他的是父亲的现任妻子，也是黑杰克为她动整容手术的莲花。莲花很恨黑杰克把自己整成和他母亲一样的脸派人杀他，幸好红蜥蜴及时出现救了他不过幕后黑手竟然派人紧接在后抓走黑杰克…。

黑杰克医生与皮诺可进入丛林后，遇到了玛丽之后好不容易找到了克玛医生，克玛医生在听说黑杰克是间影三的儿子后。说出"黑色计划"(noir project)的事，随后又在自己受伤后说出关于Phoenix病(凤凰病)，以及恐怖病毒的真相…。

在红蜥蜴告知的线索之下，黑杰克与皮诺可来到非洲要找一位库玛博士，因为他可能知道Phoenix病(凤凰病)的秘密。不过没想到一到加彭共和国他们被水患困住，幸好遇到写乐父子才有地方住不过也由于这样的机缘，黑杰克拜託写乐父亲带皮诺可回日本…。

知道所有秘密的男子乔治博士，因为罹患无法医治的绝症-Phoenix病(凤凰病)气绝身亡，黑杰克只好带著皮诺可前往位于北极圈的研究室。想在那里找出一些线索，没想到红蜥蜴为了争一口气追杀到这里，最后竟然是黑杰克救了她一命…。

在巴特院长的指引下黑杰克来到加拿大，寻找他要找的关键人物乔治博士，没想到才刚找到乔治博士可能的住处就被一名女子以枪相对。原来她是乔治博士的女儿由莉，而她是为了预防哥哥奇利可来让父亲安乐死，因为他们的父亲乔治博士也罹患神秘的绝症Phoenix病(凤凰病)…。

黑杰克受到红蜥蜴的枪击，幸好母亲的遗物项鍊的坠子救了他一命，随后他打定主意要救比尔的母亲凯萨琳女士。随后他先订好一个最高级的人工心脏，没想到他为凯萨琳女士动手术之后发现她原来就是人工心脏，而且是超科技的人工心脏…。

在修达因博士的指引下，黑杰克带著皮诺可为了找知道所有秘密的男子乔治博士来到纽约。没想到在这里遇到我的恩师本间医师禁止我医治的-谜样的心脏病"本间血肿"的病患，不过同时那个秘密组织狙击了黑杰克…。

一名病患在65年前的矿坑爆炸事件中受伤，从此失去意识身体也无法动弹，不过神奇的是65年来他竟然没有老化还保有少年的样子。他的家属原本打算放弃要请奇利柯医师让他往生，后来在西川医师的努力下，要请黑杰克医生为他动手术…。

黑杰克在中东的某个小国家，被一名醉汉指认为杀人兇手，刑警不分青红皂白逮捕他还对他刑求幸好一个在这里偶遇的日本人蚁谷出面作证，把黑杰克从黑牢里救出来。黑杰克想酬谢他蚁谷都不收，随后他们约定好如果蚁谷生病或受伤时黑杰克绝对会医好他，没想到后来蚁谷被那个神秘组织的杀手追杀…。

黑杰克为了追知道黑色计划的修达因博士，急著赶往英国，不料机场人员表示要再确认他的身份不能马上让他出境。结果就在此时黑杰克遇到曾经看过他动刀的西川医师，这位女医师表示可以带黑杰克前往英国，并且是搭乘由白拍子医师开发的空中医院…。

黑杰克和皮诺可这次来到修达因综合医院，拿著那张相片要问修达因博士21年前的事，以及他提到的关于"黑色计划"的事。正巧在这里遇到木实女医师，并且所以为她的病患特里顿进行手术，让他免于被切断手臂装上机械手臂的遗憾…。

黑杰克为了调查在本间医师医院中发现的相片，和皮诺可来到北欧找克罗杰尔博士，没想到克罗杰尔却在两个月前车祸变成植物人。而该院的迪文副理事长还要提供高额费用，请黑杰克假扮成院长公开为一个癌末的母亲动手术…。

黑杰克医生从父亲间影三那里回来后，马上就遭遇到未爆弹的意外，虽然警方并没有挖到他的遗体但是种种迹象显示黑杰克已经死了。皮诺可虽然不愿意相信，不过老闆先前就受黑杰克所託要让皮诺可被人收养，伤心的皮诺可也不得不接受这样的命运…。

留在答录机的一名男子的声音，以及黑男这个名字让黑杰克又想起儿时的回忆，当时他与母亲一起遭遇到未爆弹的意外，黑杰克在接受本间丈太郎医师奇蹟式的手术后捡回一条命。可母亲却过世了，而他的父亲竟然在此时狠心丢下他们母子，相隔21年后才出现要求黑杰克为他现在的妻子动整型手术，要把她变成这世上最美的女人…。

一心想要逮捕黑杰克医生的友引警部，在黑杰克替他儿子医治好十分难治的狮面病后，也决心要帮黑杰克申请医师执照，不过桀骜不驯的他看不惯医师会那些医生的嘴脸。再次放弃考执照的机会于是被抓进监牢里，直到医师会会长自己的儿子遭枪击，来求黑杰克医生动手术…。