故事发生在并不遥远的未来，X战警遭遇了史上最大的生存危机，他们必须回到过去拯救自己的命运。X战警也许在我们这个时代，是有着最先进基因的生物，但在不久的未来，他们都被“特拉斯克工业”创始人玻利瓦尔·特拉斯克所制造并指挥的新型特种战斗机器人“哨兵”机器人所猎杀，并有着被灭绝的危险。

哨兵机器人可以检测出任何形式的变种类型，而他们的基因则能够让他们瞬间变换和改造自身，从而击败X战警。这使得X战警的唯一希望，便是回到过去，在特拉斯克的研究最终导致他们的灭绝之前，改变历史。

利用幻影猫凯蒂的能力，金刚狼罗根的意识穿越时空开始了这个艰辛的旅程。这一次，他必须联合年轻的变种人领袖X教授，以及他一生的对手万磁王，去找到魔形女以及其它一些变种人，并阻止特拉斯克。

时间已经迫在眉睫，在过去，亦在未来，X战警同哨兵机器人的大决战即将展开。