《久保与二弦琴》的故事主角是生活在海岸边的男孩久保。当一位来自过去的怨灵将他卷入复仇之中的时候，久保平静低调的生活瞬间掀起巨浪。在神灵与妖怪的追杀之下，久保反败为胜的唯一希望就是寻回父亲生前披戴过的那副拥有法力的盔甲。

鼓起勇气的久保就此踏上了奥德赛式的征程，而路上等待他的不仅有埋藏在家族里的秘密，还有为保护这片土地与头顶的星空展开的英勇抗争。