小黄鸭大电影《妈妈咪鸭》讲述了雁群往南方迁徙的途中，“最棒飞行家”大鹏桀骜不驯爱捣乱，和他的女友晶晶调情时不慎撞散了一群赶路的小鸭子。不服管教的大鹏决定单飞，不得已和两只落单的小鸭子淘淘、憇憇组成了“临时父子档”，踏上了一路乌龙的寻亲和南迁之旅。

他们经历了一连串惊险、刺激又有趣的冒险。划过壮美的梯田，爬过冷峻的山脉，遇上好心收留他们的母鸡和妻管严公鸡、搭乘春运卡车的猪群、半瓶子中医技能的松鼠。路途中要时刻抵御想吃掉他们的恶猫，还险些成为“盘中烤鸭”。

大鹏与淘淘姐弟两的命运紧紧关联，孤傲的大鹏也逐渐学会了责任与耐心。最后，焕然一新的大鹏得到了女友晶晶的原谅，和两只小鸭子组成了爱意满满的小家庭。