电影讲述了皮卡丘和小智在淘气岛上的冒险。淘气岛是一个充满危险和挑战的地方，皮卡丘和小智结识了岛上的居民，包括勇敢的少年阿彻和他的宝可梦伙伴。在岛上，他们遇到了各种宝可梦，包括皮卡丘的宿敌雷丘。

小智和皮卡丘不仅要面对自然的考验，还要解决岛上居民之间的矛盾。最终，他们通过智慧和勇气，帮助岛民解决了问题，也加深了彼此之间的友谊。