《SPEC：翔》的故事围绕着三位天才程序员展开：山崎贤人饰演的翔太郎，佐藤健饰演的慎二，以及松坂桃李饰演的翔太郎的弟弟翔。他们利用自己的技术能力，破解了多起复杂的网络犯罪案件。在一次调查中，他们发现了一个庞大的黑客组织，这个组织利用网络攻击来控制人们的日常生活。

三人决定联手，不仅要揭露这个组织的真相，还要阻止他们进一步的犯罪计划。在追查的过程中，他们面临着重重困难，包括来自警方的误解和黑客组织的直接威胁。最终，他们成功地揭露了黑客组织的罪行，并保护了网络世界的和平。