失踪的上清寺讲述了重庆警方接到一系列失踪案件的报案，案件发生在上清寺地区，警方派出精干力量组成调查小组，深入调查。通过走访和线索追踪，调查小组发现这些失踪案背后隐藏着一个复杂的犯罪网络，涉及黑帮、毒品和走私。

在调查过程中，调查小组成员遭遇了重重困难和危险，但他们始终保持警觉，最终揭露了罪犯的真面目，并成功解救了失踪人员。