末日庇护发生在一场全球性灾难之后，人类社会崩溃，幸存者们在废墟中挣扎求生。张涵予饰演的李强是一位前军人，他带领着一批幸存者在荒废的城市中寻找庇护所。杨紫饰演的林晓是一名医生，她和王千源饰演的科学家王勇一起努力救治伤员，研究生存之道。

任达华饰演的老头则是一位神秘人物，他掌握着重要的生存信息。随着剧情发展，幸存者们发现了一个隐藏在废墟中的巨大地下城，这里或许能成为他们的新家园。然而，他们很快发现，这个庇护所并非想象中的安全，里面隐藏着未知的危险。

在一系列的冒险和挑战中，幸存者们逐渐揭开了末日背后的真相。