电影从纽约中央公园动物园的四只主角——曼尼、莫莉、马克斯和梅丽莎的视角展开。它们被送回马达加斯加，发现那里被一个神秘的生物学家占领，他计划将马达加斯加变成一个主题公园。为了阻止这一计划，四只动物决定与当地动物合作，展开一系列冒险，最终成功阻止了主题公园的建设。