故事发生在现代东京，主人公千叶辉夜是一名普通的高中生。某日，她意外地穿越到了古代日本，成为了竹取物语中的公主辉夜姬。辉夜姬必须在现代和古代之间穿梭，解决一系列谜题和挑战，以恢复时空的平衡。

在旅途中，她遇到了来自古代的武士和现代的侦探，两人逐渐产生了深厚的情感纽带。最终，辉夜姬成功解开了谜团，回到了现代世界，但时空的交错给她的生活带来了不可磨灭的变化。