公元2029年，近未来日本高度信息化，电子网络覆盖全球。全身义体化的草薙素子与巴特等人受荒卷大辅招募，组建公安九课，专门打击网络犯罪与国际阴谋。随着神秘黑客“傀儡师”现身，一场关乎人类、意识与未来的赛博朋克危机就此展开。