电影开始于一座现代城市中，座头市与金木研相遇，两人决定一起解决一系列神秘事件。在调查过程中，他们遇到了新角色小次郎，他是一位拥有特殊能力的年轻侦探。随着调查深入，他们发现了一个隐藏在城市中的古老秘密。

与此同时，阿通也加入他们，帮助解决案件。最终，他们揭露了一个涉及黑帮的阴谋，并成功将其瓦解。