《逆水行舟》的故事发生在动荡的古代江湖，主角张涵予饰演的李承言本是朝廷官员，因揭露腐败被陷害，流落江湖。黄轩饰演的赵云龙是他的挚友，两人共同对抗腐败势力。袁泉饰演的柳如烟是一位医术高超的女子，与李承言共同经历了一系列冒险。

欧豪饰演的陈家驹是江湖中的反派，他试图利用主角们达到自己的目的。在一系列的斗争中，主角们逐渐看清了权力的真谛，最终在正义与邪恶之间做出了选择。