电影围绕特种部队成员蛇眼的起源展开。蛇眼原名斯科特，是一名孤儿，被神秘的组织发现并训练成了一名出色的战士。在一次任务中，斯科特结识了未来的盟友和敌人，逐渐揭开了自己身世的秘密。随着故事的发展，斯科特不仅要面对组织的操控，还要对抗来自过去的威胁。

最终，斯科特决定揭露真相，成为真正的领袖，带领特种部队对抗邪恶势力。