故事发生在2045年的近未来，公安九课的草薙素子带领着她的团队，与一个名为“影子”的神秘组织进行斗争。这个组织拥有强大的黑客能力和先进的技术，试图控制整个网络。素子和她的团队不仅要对抗“影子”，还要解开一个关于人工智能和人类意识的谜团。

随着调查的深入，他们发现了一个更大的阴谋，涉及到政府、企业以及人工智能的未来。最终，公安九课必须面对自己的过去，才能阻止这场即将到来的灾难。