《香港机密档案》讲述了警察张智霖带领的小组与黑帮头目林家栋之间的较量。张智霖在一次行动中意外发现黑帮的内部机密，决定将这些信息公之于众。然而，这引起了黑帮的注意，张智霖和他的队友们陷入了危险之中。在佘诗曼和胡杏儿的帮助下，他们逐步揭露了黑帮的罪行，最终成功将黑帮头目绳之以法。