《果宝特攻3》继续了前两部的故事线，讲述了果宝战士与蛋生之间的战斗与合作。在新的冒险中，果宝战士们遇到了新的敌人，他们必须团结一致，共同对抗。蛋生作为反派角色，他的野心逐渐显现，与果宝战士之间的冲突也逐渐升级。

在一系列的战斗中，果宝战士们逐渐发现了蛋生的真实目的，并与他展开了激烈的对抗。最终，果宝战士们通过智慧和勇气，成功阻止了蛋生的阴谋，保护了和平。