第三季继续围绕星际舰队空间站深空九号的日常运作。主要情节包括与克戈尔人的冲突、探索新星系、处理内部政治斗争以及应对外部威胁。关键事件包括与卡林达星系的外交谈判、对抗卡里安人和卡斯提人、以及深空九号内部的权力斗争。