徳川家光の治下。島原、天草のキリシタン百姓は、キリシタン禁制とその苛酷な政治下に、喘いでいた。藩主松倉勝家の意を受けた代官田中宗甫は、幕府直参多賀主水の督励を背景にキリシタン弾圧に務めていた。

名主与三右衛門の息子三蔵の嫁、身重の梅は殺され、助けに行った三蔵は極刑に倒れた。また南蛮渡来の油絵の魅力につかれた絵師右衛門作は、絵のために何度か信仰を裏切り、娘菊は雑兵に犯された。

天草の救世主と仰がれるキリシタン青年、天草四郎は、父甚平衛、母マルタ、姉レシイナと共に隠れ家にあり、百姓と共に起ち上る日を待っていた。四郎は武士時代の親友で、恋人桜を譲った岡新兵衛に捕われのキリシタンとの連絡を頼んだ。

新兵衛はキリシタンではないが、武士の情けで引き受けるのだった。一方、弾圧にたえかねた名主与三や角蔵らは、四郎の制止をきかず、宗甫勢を襲った。百姓方に、正体不明の浪人群も...