公元2015年，一个巨大的人型生物在日本登陆。出动的联合国军，将那生物称作“使徒”，并予以猛烈地攻击，但全部失败。就连威力最大的N2炸弹，亦只是在短时间内减缓了使徒的步伐。与此同时，一个名为碇真嗣的少年接到阔别十年的父亲的信，被其父源度呼唤至第三新东京市地下的 NERV 本部。

面对许久不见的儿子，碇司令所说的只是：“坐上EVA。”真嗣拒绝接受命令，但当他见到一位身负重伤的少女即将乘坐初号机出击时，他改变了自己的打定主意。来袭使徒压倒性的强大，第三新东京市的地下空洞以及EVA初号机这些SF方面的描写，使第一话显得多姿多彩。剧中采用了不少有电影效果的构图，相当有特色，但对于消极的14岁少年的性格，却十分难把握。

副标题是和标题意思相同。圣书中的使徒写作“MESSENGER”，在这个场合的ANGEL直译为守护神，也包含天使的意思。