故事发生在宇宙世纪0080年，地球联合军与吉翁公国之间的战争仍在继续。阿姆罗·雷驾驶高达Mk-II在地球联合军中崭露头角。

与此同时，基拉·大和在地球联合军中服役，逐渐成长为一名出色的战士。夏亚·阿兹纳布尔则策划着自己的复仇计划。随着剧情发展，阿姆罗和基拉分别得知了各自的身世之谜，而夏亚的阴谋也逐渐浮出水面。最终，阿姆罗和基拉在多次战斗中逐渐成为朋友，共同对抗邪恶势力。