《山椒大夫》讲述了清末时期，一位江湖郎中陈青云（张国立饰）在行医过程中，遇到了各种各样的人和事。他不仅帮助了许多病人，还卷入了朝廷与江湖的斗争。在一次救治过程中，他救了一位落难的公主（斯琴高娃饰），从而卷入了宫廷斗争。

陈青云凭借自己的医术和智慧，最终帮助公主逃出了险境，并揭露了朝廷的腐败。在一系列的冒险之后，陈青云找到了自己的真爱，并决定留在京城行医，继续行侠仗义。